舟山提出到2015年，基本完成“新区建设三年行动计划”提出的深化改革任务，形成新区开发开放新体制的框架。到2017年，在新区开发开放重要领域和关键环节改革上取得阶段性成果，为到2020年形成新区开发开放制度体系奠定坚实基础。

　　充分激发开发主体活力，是新区全面深化改革的一大着力点。今后，舟山将在实行开放统一的市场准入制度、完善财税扶持开发主体发展机制、推动民营企业创新发展、发展混合所有制经济等方面取得突破。其中，舟山将探索建立新区产业投资负面清单管理模式，这意味着，除了政府规定的不开放经济领域“禁区”，其他行业、领域和经济活动均可推行“非禁即入”。同时，改革商事登记制，使新区成为全国企业登记设立时间最短的地区之一。

　　构建对外开放新体制，是新区改革的又一重点。舟山将推动舟山港综合保税区向自由贸易园(港)区发展，以本岛片封关运行为契机，加快项目集聚和产业成群，同时规划建设衢山分区国际油品、矿砂交易中心，创新口岸监管模式等，探索建设保税燃料油加注中心，开展跨境电子商务试点。围绕打造“二十一世纪海上丝绸之路”，加强与世界各国和港澳台地区的经贸合作，试行外商投资企业备案、对外投资备案管理，坚持“招大、引强、选优”，主攻世界和中国民营企业500强，对重大外商投资项目实施动态全程跟踪服务，着力引进一批大项目好项目。

　　在新区行政体制创新方面，舟山在已取得阶段性成果基础上，将继续进行深化，进一步强化新区党工委管委会统筹协调职能，理顺市属部门与功能区、县(区)的关系。行政审批制度改革将迈出大步，在经济功能区试点基础上，实施企业投资项目“零审批”、“零收费”制度改革，实行“负面清单以外的企业投资项目政府不再审批”，变先批后建为先建后验。